El estudio de la anatomía patológica intraoperatorio es uno de los procedimientos más difíciles en el ámbito laboral del médico patólogo. Consiste en el examen y emisión del diagnóstico durante el mismo acto quirúrgico.

Este tipo de pruebas se emplea para definir la naturaleza (benigna o maligna) de una lesión, determinar el estado de los márgenes quirúrgicos (presencia de células cancerosas en los bordes de la muestra de tejido), y establecer si el material extraído es adecuado para el examen posterior.

La muestra se congela para luego ser cortada y examinada en el microscopio.  El médico tiene apenas 20 a 30 minutos para emitir su opinión después de examinar un tejido procesado con técnicas no ideales por lo que se requiere una gran experiencia.

El resultado de la biopsia intraoperatoria influye en la conducta terapéutica a seguir. Por ejemplo, en el caso de un diagnóstico de malignidad el cirujano puede hacer una cirugía ampliada incluyendo ganglios, etc.