Las infecciones, respiratorias o de cualquier otra parte del organismo, pueden ser causadas por distintos tipos de bacterias, hongos, parásitos o virus. En general los síntomas y signos de la enfermedad orientan al médico a sospechar de cual de éstos agentes infecciosos se trata y, en base a esta sospecha es que se decide el tratamiento.

Sin embargo, en ocasiones el cuadro clínico es poco específico, o el paciente no mejora con el tratamiento elegido, entonces se hace necesario recurrir al diagnóstico microbiológico para identificar  el agente causal y poder atacarlo con el tratamiento específico.

  ¿Qué material analiza el examen microbiológico? 

Para diagnosticar infecciones respiratorias se examinan esputo, exudados, tejido y sangre en caso que existan signos de infección generalizada

  ¿Cómo se extraen las muestras? 

• Esputo espontáneo o inducido
• Hisopado (pasando un hisopo por el área afectada)
• Aspiración (de secreciones de la tráquea y los bronquios)
• Lavado broncoalveolar
• Punción pulmonar
• Punción pleural
• Biopsia de pulmón a cielo abierto
• Extracción de sangre

  Técnicas de estudio microbiológico 

Las pruebas directas consisten en la observación del microorganismo, algunos de sus productos de deshecho o alguno de sus componentes (membrana, pared celular, etc.).

El examen directo consiste en observar la muestra bajo un microscopio. Cuando no se aplican procesamientos previos (colorantes) se pueden identificar fácilmente parásitos, hongos y algunas bacterias. El uso de colorantes  facilita la visualización de estructuras características para la individualización de especies de bacterias y hongos. Este método es sencillo y rápido y en pocos minutos brinda información suficiente para iniciar un tratamiento. Para visualizar virus la muestra debe observarse con in microscopio electrónico, esta técnica se realiza en laboratorios especializados.

El cultivo consiste en colocar una pequeña porción de la muestra obtenida del paciente en un plato de vidrio (placa de Petri) que proporciona nutrientes y un medio ambiente adecuado para el crecimiento de los microorganismos. De este modo se consigue un mayor crecimiento de gérmenes y se facilita su identificación.
Cuando se sospecha que la infección es causada por un virus se colocan en el cultivo porciones de la muestra más células sanas; los virus atacan a estas células provocando alteraciones visibles al microscopio.  

Las pruebas indirectas consisten en la demostración de anticuerpos producidos por paciente para combatir al microorganismo, pruebas, bioquímicas y genéticas para identificar partes constituyentes de los microorganismos.

Las técnicas inmunológicas investigan la presencia de estructuras de los gérmenes (antígenos) que tienen la propiedad de desencadenar en los pacientes una respuesta inmunológica. También se investiga la presencia de inmunoglobulinas –anticuerpos- mediadoras de esta respuesta.

El antibiograma sirve para conocer cuál es el antimicrobiano más eficaz para combatirlo, esta prueba de sensibilidad se conoce como antibiograma.